福建省环境保护厅的主要职责如下：
一、环保制度制定与执行：负责制定环境保护的基本政策，执行国家法律、法规，起草地方性法规，监督实施。组织编制环境功能区划，制定地方标准和技术规范，制定并监督实施污染防治和饮用水源地保护规划，参与制定主体功能区划。
二、重大环境问题管理：协调重特大环境污染和生态破坏事件，指导突发环境事件应急处理，协调跨区域环境问题，统筹流域、区域和海域污染防治，监督海洋环保工作。
三、污染物减排与专项资金管理：负责污染物排放总量控制和排污许可证制度，督查减排任务完成，实施环境保护目标责任制和考核。
四、环保专项资金与产业发展：管理环保专项资金，推动循环经济和环保产业的发展。
五、预防和控制环境污染：进行环境影响评价，提出环保法律草案意见，审批重大开发区域和项目环境影响评价文件。
六、污染防治监督：制定并执行污染防治管理制度，监管饮用水水源地，指导城镇和农村环境整治。
七、生态保护指导：拟订生态保护规划，评估生态环境质量，监督自然资源开发和生态恢复工作，指导自然保护区和野生动植物保护。
八、核安全与辐射安全管理：制定政策和规划，参与应急处理，监督核设施安全和放射源安全，管理核技术应用中的污染防治。
九、环境监测与信息发布：制定监测制度，实施环境质量监测，发布环境状况报告和信息。
十、环境科技与国际合作：组织环保科学研究，推动技术管理体系，负责国际条约履约和涉外环保事务。
十一、宣传教育：指导环保宣传教育，推动生态文明建设和环境友好型社会建设。
十二、其他事项：处理省委、省政府交办的其他相关工作。
根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发〈福建省人民政府机构改革方案〉的通知》（厅字〔2009〕23号）和中共福建省委、福建省人民政府《关于福建省人民政府机构改革的实施意见》（闽委〔2009〕27号），设立福建省环境保护厅，为省人民政府组成部门，正厅级。