包河区的历史沿革始于1951年，当时合肥市设立两个郊区，后合并为城郊区。1952年，又分为东郊区和包河区西郊区，1955年再次合并为城郊区。1960年和1963年，该区域曾短暂更名为蜀山区和北市区，随后恢复为郊区。
2002年，郊区正式更名为包河区，其管辖范围扩大，包括原郊区的大圩乡、义兴、义城、骆岗和常青4个镇，以及巢湖路、芜湖路、宁国路3个街道。原郊区的部分区域进行了调整，如常青镇与原郊区的部分区域合并，由常青镇政府管理。同时，包河区也接收了原郊区的城东乡部分村落。
2004年底，包河区的行政区划进一步明确，管理5个街道、2个镇和1个乡。2006年，包河区获得了肥西县烟墩乡的整建制划归，进一步扩展了其行政区域。2007年的行政区划调整中，包河区增设了包公街道和望湖街道，并新增了烟墩镇，同时保留了原有的工业区。
目前，包河区的行政区划包括7个街道、2个镇和1个省级工业园区，即常青街道、芜湖路街道、包公街道、骆岗街道、望湖街道、义城街道、烟墩街道，以及淝河镇、大圩镇和包河工业区。
包河区于2002年合肥市区划调整时成立，位于合肥市南部，濒临全国五大淡水湖之一的巢湖，处于正在建设中的合肥现代化滨湖新区的前沿阵地和核心区域。包河区的经济社会发展一直保持快速、健康、协调的强劲态势，相继获得国家可持续发展实验区、国家科技进步先进区、全国团建先进区、全省就业和社会保障工作先进区、全省低保工作先进区、全省抗雪防冻救灾工作先进集体、全省优化民营经济发展环境先进区、全市信访工作目标管理先进单位等诸多殊荣，为全省经济实力“第一城区”。