资中县畜牧食品局的内部机构主要分为五个部门，每个部门职责明确，协同推进畜牧业发展。
负责协助局领导处理机关政务，包括政策法规、信息管理、文秘档案、保密、信访、目标管理、社会治安、安全生产监管等。同时，他们还负责会议组织和重要文件起草，以及机关基本建设、资金管理、后勤服务和对外接待等工作。
主要负责局机关及下属单位的人事、劳动工资、机构编制管理，包括职称申报、技术人员培训，领导班子建设和宣传思想工作。此外，他们还指导畜牧科技干部队伍建设、纪检监察、统战、老干部、工青妇计生等日常事务。
研究并制定畜牧业中长期规划和年度计划，监督实施资金管理，包括畜牧建设项目资金拨付、财政扶持资金预算编制，以及畜牧事业费、基金、项目资金的管理。他们还负责直属单位的财务管理、国有资产监管和对外经济合作资金管理。
负责研究拟定畜牧业科技政策，指导生产、科技体系和服务体系的建设，分析并报告畜牧食品生产和科技推广情况。此外，他们还负责项目实施监督、种畜禽管理、优良品种推广、技术培训、科技成果推荐转化、产业化指导和牧草质量监管等。
主要负责草拟并监督兽医兽药饲料相关规范，执行国家兽药、饲料标准，进行动物防疫和执法管理，发放相关许可证，并提供生产服务和技术培训。饲料资源开发利用、动物防疫检疫和饲料工业统计也是他们的工作内容。