根据上述职责，自治区计划生育委员会内设8个职能处室：
(一)办公室?协助领导组织机关工作；综合协调委机关各处室工作；组织起草重要报告、综合文件；负责重要会议的组织、文电处理、秘书事务、档案资料、政务信息、机要、保密、信访、基建、保卫及综合治理等机关行政管理工作。
(二)政策法规处?贯彻执行国家、自治区有关计划生育工作的政策、法规；负责计划生育普法、行政复议等工作；负责全区流动人口计划生育工作的政策研究业务指导和监督检查工作。协调有关部门做好出生人口性别比治理工作；推动人口和计划生育工作的综合治理。
(三）发展规划处 研究提出我人口发展战略，组织对人口规模、趋势、素质、结构等人口和计划生育重大问题的战略性、前瞻性研究；编制我区人口中长期规划和年度规划，拟订全区人口和计划生育事业发展计划；对人口和计划生育事业发展、人口和计划生育目标管理责任制执行情况进行监督评估；负责有关计划生育的人口统计、信息化建设与管理工作，组织实施抽样调查和专项调查，参与分析研究全区人口统计数据，发布与计划生育有关的人口信息。
(四)宣传教育处?组织编制自治区人口和计划生育宣传和教育工作的计划、规划；组织开展全区性人口和计划生育宣传和教育；协调新闻、宣传、文化等部门开展人口和计划生育宣传工作；组织人口与计划生育对外宣传和新闻发布工作；规范对人口与计划生育宣传品的管理。
(五)科学技术处?组织编制人口和计划生育科技发展的计划、规划；负责全区计划生育技术服务工作的综合管理；指导节育技术服务工作和节育新技术的推广应用；协同有关部门做好优生优育和生殖健康工作；负责组织对节育手术的技术鉴定和善后处理工作；制定全区计划生育技术设备计划；协同有关部门组织制定并实施全区计划生育科研计划；制定全区计划生育干部和专业技术人员继续教育的计划、规划并组织实施。
(六)流动人口管理处 拟定自治区流动人口计划繁殖率管理的制度规范；组织开展有关流动人口计划繁殖率管理体制、机制的研究；监督检查《流动人口计划生育工作管理办法》的执行情况；协调有关部门建立完善流动人口计划生育治理的管理机制；指导基层做好流动人口计划生育的管理与服务工作。
(七)财务处?编制自治区级人口和计划生育事业费和基本建设经费支出的预、决算及避孕药具需求计划；编制人口和计划生育服务网络建设规划和标准；对自治区补助各地的人口和计划生育事业费、避孕药具专项经费使用情况、社会抚养费和行政事业性经费收支两条线的管理以及避孕药具管理和发放情况进行指导和监督；协同有关部门推进人口和计划生育投入体制和财务资产管理制度改革；指导和监督直属单位财务和国有资产管理；负责机关财务和直属单位审计监督工作；负责救助计划生育困难家庭和农村部分计划生育家庭奖励扶助项目落实工作。
?(八)人事处?拟定全区计划生育系统干部队伍建设规划；拟定全区人口与计划生育专业教育、国家公务员培训及专业技术人员继续教育培训规划；负责委机关及直属单位领导班子和组织建设；按照规定管理委机关及直属单位机构编制、人事、劳动工资等工作。
机关党委：负责委机关及所属单位的党群工作。
纪检组、监察室：负责机关及所属单位的纪律检查和行政监察工作。纪检组与监察室合署办公，一个机构两块牌子，履行党的纪律检查和政府行政监察职能。
