1、功能不同
标准审计报告是指不含有说明段、强调事项段、其他事项段或其他任何修饰性用语的无保留意见的审计报告。无保留意见是指当注册会计师认为财务报表在所有重大方面按照适用的财务报告编制基础编制并实现公允反映时发表的审计意见。
非标准审计报告是指带强调事项段或其他事项段的审计报告和非无保留意见的审计报告。非无保留意见是指保留意见、否定意见或无法表示意见。
2、报告形式不同
当注册会计师出具的无保留意见的审计报告不附加说明段、强调事项段或任何修饰性用语时，该报告称为标准审计报告。标准审计报告包含的审计报告要素齐全，属于无保留意见，且不附加说明段、强调事项段或任何修饰性用语，否则不能称为标准审计报告。
非标意见通常以4种形式出现，带强调事项段的无保留意见、保留意见、否定意见和无法表示意见。
3、特点不同
标准审计报告中财务报表已经按照使用的会计准则和相关会计制度的规定编制，在所有重大方面公允反映了被审计单位的财务状况、经营成果和现金流量。
凡注册会计师对上市公司的财务报告出具非标准无保留审计意见的，应根据独立审计准则要求，清楚地说明出具该意见的原因及依据，并对该意见涉及事项对上市公司财务报告的影响做出估计，无法估计的应当说明原因。
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