一、成立时间不同
中国科学院自动化研究所成立于1956年10月，是中国最早成立的国立自动化研究机构。
沈阳自动化研究所成立于1958年11月。成立之初被称为辽宁电子技术研究所，1960年4月更名为中国科学院辽宁分院自动化研究所，1962年至1972年的名称为中国科学院东北工业自动化研究所，1972年起正式定名为中国科学院沈阳自动化研究所。
二、研究所地址不同
中国科学院自动化研究所的地址为北京市海淀区中关村东路95号；沈阳自动化研究所位于辽宁省沈阳市沈河区南塔街114号。
三、研究方向不同
中国科学院自动化研究所已形成立足智能技术，聚焦复杂信息的智能计算、复杂系统的智能控制、集成化智能系统三个重要方向，基础研究、应用开发与高技术产业化“三位一体”，相互支持、相互补充的格局。
沈阳自动化研究所主要研究方向是机器人、工业自动化和光电信息处理技术。该所作为中国机器人事业的摇篮，在中国机器人事业发展历史上创造了二十多个第一，引领中国机器人技术的研究发展。此外，该所还是“实验1”号科考船的船东单位。
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