作为早期的超级马里奥作品，超马三代做出了不少创新。比如这次加入了库巴七子作为BOSS 。而马里奥的道具也变得多种多样 ，浣熊装，锤子装，狸猫装等新能力提升也丰富了游戏性。奇诺比奥的蘑菇房也为后作如何奖励玩家道具提供了模板。狸猫，浣熊的飞天设定也为玩家扩展了游戏性，新超级马里奥兄弟2也让狸猫装回归，满足了老玩家和怀旧情结。
另外，超级马里奥3的日版中，马里奥在力量提升状态受伤直接变为小个子，而美版则是在力量提升状态下受伤均先变为大个子。
游戏分为8个世界 世界1：草原之国（草原の国，Grass Land）：让玩家熟悉操纵的基础关卡，藏有两枝“传送之笛”。 世界2：沙漠之国（砂漠の国，Desert Hill）：有讨厌的太阳会攻击玩家，藏有一枝“传送之笛”。 世界3：海洋之国（海の国，Ocean Side）：关卡几乎都在水底，必须游泳来过关。 世界4：巨大之国（巨大の国，Big Island）：酷栗宝、诺库龟甚至“？砖块”都变成巨大版的。 世界5：天空之国（空の国，The Sky）：分为陆地和天空两个部分的关卡。 世界6：冰雪之国（氷の国，Iced Land）：地形以冰雪构成，玩家很容易因滑落而摔死。 世界7：水管之国（土管の国，Pipe Maze）：地形几乎是以大量水管构成，食人花非常多的关卡。 世界8：黑暗之国（暗黒の国，Castle of Kuppa）：桃子公主所在区域。此关卡充满了战车和大炮。 世界9：跳关地带（ワープゾーン，Warp Zone）：使用“传送之笛”后可以来此选关。 游戏有3个传送之笛，分别在1-3，1-4与第二大关大地图某处。 另外一个小彩蛋：传送之笛的BGM与FC塞尔达传说的笛声相同，N64《塞尔达传说 时之笛》的开场BGM的开头和该曲相同，与DS《超级马里奥64DS》的小游戏”爱不爱我“中连续三次得到”爱我“后的”真的很爱我“的BGM相同。
