比较几种主要的构树方法，一般情况下，若有合适的 分子进化模型 可供选择，用 最大似然法（ML） 构树获得的结果较好；对于 近缘物种序列 ，通常情况下使用 最大简约法(MP) ；而对于 远缘物种序列 ，一般使用 邻接法(NJ)或最大似然法(ML) 。对于 相似度很低的序列 ，邻接法往往出现长枝吸引(branch attraction)现象，有时严重干扰进化树的构建。对于各种方法重建进化树的准确性，Hall (2005)认为 贝叶斯法 最好，其次是 最大似然法(ML) ，然后是 最大简约法(MP) 。其实如果 序列的相似性较高 ，各种方法都会得到不错的结果，模型间的 差别也不大 。邻接法和最大似然法是需要选择模型的。蛋白质序列和DNA序列的模型选择是不同的。 蛋白质序列 的构树模型一般选择 Poissoncorrection(泊松修正) ，而 核酸序列 的构树模型一般选择 Kimura2-parameter (Kimura一2参数) 。如果对各种模型的理解并不深入，最好不要使用其他复杂的模型。参数的设置推荐使用缺省的参数。
NJ法
它的特点是重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得到一棵树。其缺点主要表现在将序列上的所有位点同等对待，且所分析序列的进化距离不能太大。故NJ法适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。
MP法
适用于序列残基差别小，具有近似变异率，包含信息位点比较多的长序列。
ML法
在进化模型选择合理的情况下，ML法是与进化事实吻合最好的建树算法。其缺点是计算强度非常大，极为耗时。