营口市体育局设有四个主要内设机构，分别为办公室、群众体育科、竞技体育科以及机关党委。这些部门各司其职，共同推动全市体育事业的发展。
办公室主要职责包括协助局领导处理机关政务，协调日常事务。它负责机关的文秘、财务、机要、保密、信访、行政管理等工作，以及直属单位的财务监管。同时，办公室还负责机关和直属单位的统计报表、人事、劳动工资、机构编制、离、退休人员管理服务，以及研究编制体育发展规划和提出政策规定。其他相关事项也由办公室负责处理。
群众体育科致力于全市群众体育工作的规划与实施。他们负责《全民健身计划纲要》的推行和《国家体育锻炼标准施行办法》的监督，进行国民体质监测，推动学校、农村、城市体育和社会体育的发展。此外，他们还负责市本级体育竞赛计划的制定和实施，以及体育经济经营活动和市场的管理政策。
竞技体育科主要负责全市竞技体育的发展规划和市属业余训练队伍的管理。他们研究竞技体育发展趋势，组织反兴奋剂工作，规划重点训练项目并实施，协调大型体育赛事的组织，以及体育科研成果的推广。同时，他们还负责二级裁判员和二级运动员的审批与颁证工作。
机关党委主要负责党的工作计划和年度方案的编制与实施，推进机关及所属单位的党的思想、组织、作风和廉政建设。根据党的中心工作，他们组织党的活动，强化党委自身建设，负责政治学习、党委会等会议，对党员进行教育管理监督，并领导工会、共青团工作，围绕体育局中心任务开展活动，协助领导完成相关任务。