单细胞转录组目前主要有三种建库测序方案（ 图1 ）：
1. 以10x Genomics 为代表的3‘/5’ 转录组测序： 本方案对转录本一端进行测序，可以满足一般的转录组定量分析需求，细胞通量高，测序成本相对较低，缺点是一般只能检测到转录本3‘/5’端600nt以内的信息，其他信息丢失了；
2. Smart-seq： 本方案将cDNA打断后，对转录本的所有片段测序，优势是测序灵敏度高（基因检出数比3‘/5’ 转录组测序高）、可以检测转录本的全长片段信息，缺点是细胞通量较低，单个细胞的测序成本较高，而且检测的并不是真实的全长转录本；
3. 单细胞三代转录组测序： 在获得单细胞全长cDNA后经过扩增和建库，用Nanopore平台或者Pacbio平台测序。由于cDNA不会被打断，避免了短reads的拼接过程带来的错误，因此检测的是真实的转录本全长信息，缺点是目前测序通量太低，测序错误率较高，单价过高。
目前主要有基于 两个 三代测序 平台 的 三种 单细胞三代全长转录组测序 技术 ：
(本文主要介绍高通量单细胞全长转录组测序技术，低通量的暂未介绍)
1. sc ISO r-seq (10x Genomics + Pacbio ISO-seq)
技术方案： 1）单细胞解离后，利用10x 3’ RNA kit完成细胞分选和逆转录，得到全长的cDNA; 2) 部分全长cDNA用于常规二代测序；3）部分全长cDNA经过PCR扩增后构建Pacbio SMRT文库，并进行测序；4） 二代、三代数据结合分析 （主要是cell barcode拆分和UMI矫正）。
2. ScNaUmi-seq (10x Genomics + ONT)
技术方案： 1）单细胞解离后，利用10x 3’ RNA kit完成细胞分选和逆转录，得到全长的cDNA; 2) 部分全长cDNA用于常规二代测序；3）部分全长cDNA经过PCR扩增后构建nanopore文库，并进行测序；4） 二代、三代数据结合分析 （主要是cell barcode拆分和UMI矫正）
ScNaUmi-seq 与scISOr -seq 虽然技术平台不同，但是原理上比较相似。
3. R2C2 (10x Genomics + ONT)
技术方案： 1）单细胞解离后，利用10x 3’ RNA kit完成细胞分选和逆转录，得到全长的cDNA; 2) 部分全长cDNA用于常规二代测序；3）部分全长cDNA经过 RCA扩增 后构建nanopore文库，并进行测序；4） 可仅利用三代数据进行下游分析。
R 2C 2方法特殊之处在于全长cDNA的环化扩增（RCA），将较短的转录组cDNA ( 平均长度1.2~1.5k ) 经滚换复制后生成长链DNA（平均长度 3~5k ），在对其测序时，相当于将同一来源的cDNA分子重复检测了3~5遍，以此提高测序的准确度。
三种技术方案数据对比：
当对比不同技术不同平台时，要尽量避免样本来源不同、细胞数目差异、测序深度不同和统计方式的差异。单细胞全长转录组目前面临的最大难题之一在于成本过高，因此，提升测序通量，提升reads有效利用率是当下面临的关键难题。
参考文献：
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