清道光年间，因“氵戎”(音同戎)水、铁山、桂江三都（都：旧时县辖基层行政区划单位）距县城洪阳的昆冈书院甚远，入学不便。学者方高、苏才及庄德容等分别提出复兴家塾及兴建三都义塾的倡议，得到时任普宁知县陈凤图的支持，陈凤图作为一县之父母官，“深悟移风易俗之方，必在敬教劝学之实”，对于方高复兴家塾的倡议，苏才及庄德容等的兴建三都义塾之请，他感叹无限，认为“余尤幸讲君之知所急务而先得我心也……学校者教化之原也。学校兴则民知礼，礼让行则民不争。斯举也，诚风气转移之机，人才奋兴之会矣。”（陈凤图《劝捐并建三都书院引》）倡建三都书院是民心所向，故亲自主持在练江北岸兴建三都书院（《普宁县教育志》）。由于是民心所向，“一倡众和，心盖不约而同”（苏才《三都书院序》），“群情踊跃”（陈文耀《重修三都书院记》）。举人苏才“研精殚思，积渐融液，为文雄深雅健……授东莞教谕训士，皆先气节而后文章”（光绪《普宁县志续志稿·人物》），乡民及侨胞捐资，设置“学田”，收取“学租”，合力创建三都书院。
1830年（清道光十年），三都书院建成，东莞教谕苏才即归任山长。建成授业的三都书院与较早兴建的昆冈书院和上社书院并称普邑三大书院。书院的建筑面积2100平方米，格局为三进两包厢，中厅供文昌帝君像，后楼供韩文公像，讲堂及山长卧室、教员及诸生宿舍共28间，围墙绕周，前立照壁。
咸丰年间，三都书院因“遭土匪蹂躏，门户窗牖，荡然无余，嗣屡议修复，因绌于经费，阅十年未果”。
1871年（清同治十年），潮州镇总兵方耀（普宁洪阳人）“以兴贤育为己任，筹款四千元，谕诸绅士协同修理，并置租生息，每年延师督课，择尤优奖；后筹银一百两，盖以绅士捐款，创建惜字宝文社，每年雇工赴各处收拾字纸涤净焚化，具征崇文爱士之盛心”（陈文耀《重建三都书院记》）。书院重修后余款置学田，每年收租谷100余石作为经费，还定例给每科试前三名以租谷奖励，这就为长期办学解决了后顾之忧，为莘莘学子的苦学勤奋提供了动力。
1906年，因1905年清政府废科举，改行新学制，各地普遍设立中小学堂，书院由学堂取代，故三都书院改置为高等小学堂，设修身、读经、中国文学、算术、历史、地理、格致、图画、体操等课程。至此，三都书院这一称谓至此结束。书院改名后的学生，因为仍然在三都书院原址学习，仍然认同自己为三都书院的学生。
1912年（民国元年），三都小学堂改名“三都高等小学”。
1924年（民国十三年）春，三都高等小学受命改制，新办初中部，保留小学部，并正式命名为普宁县立第二初级中学，首任校长陈岱山，此即为今日普宁市第二中学之肇始。
1925年10月，其附属高小班招收杨德秀等3名女生，创普宁男女生同校之始。
1926年秋，学校迁至燎原镇乌石村，乌石原址现为乌石小学老校区，系原普宁市师范学校附小，老校区内尚存许多写着“三都书院”的教学用品。
1927年，受时势动荡影响，学校被迫停办。
1929年，原普宁县立第二初级中学训育主任许蕙生与地方人士张崇岳共同发起，组建复办普宁县立第二初级中学校董会，许蕙生任校董主任，聘张崇岳为校长，以乌石高等小学校舍为基础复办普宁县立第二初级中学。
1930年，因大量学生参与革命活动，并和军警发生冲突，被县政府下令停办。
1938年，时任普宁县长的黄伟卿组建复办普宁县立第二初级中学校董会，将马化龙、卢逢生创办的“流沙中学”及何立贤创办的“洪阳中学”合并为“普宁县立第二初级中学”，校址由乌石迁往流沙华市。后因三都书院学租之争被降格为普宁县第二区区立中学。
1938年末再次被查封停办。
1945年秋普宁第二初级中学复校，校址设在流沙白塔秦村秦氏祖祠。至此，这一分支脱离三都书院范畴，并逐渐发展为普宁市第二中学，被评为普宁市重点中学、广东省一级学校、广东省现代教育技术实验学校、广东省首批国家级示范性普通高中优美校园，在教学上成为潮汕地区仅次于汕头一中的完全中学。
1940年下半年，汕头市立第一中学因抗日需要，内迁到普宁三都书院。抗日期间，三都书院一度改为医院，医治抗日爱国军民。
1969年，在三都学院原址复开学校，定名为普宁市占陇镇三都初级中学，并沿用至今。
2010年，因学校校舍严重不足，大部分班级学生人数达八、九十余名，影响了正常教学、教育活动的开展。在学校、热心校友的齐心倡议下，热心人士纷纷捐款兴建新的教学大楼，新教学大楼位于书院旧址东边，并于年底建成启用。
