区别在于性质不同、获取条件不同、适应范围不同等等。
一、性质不同
工程师是参加工作后单位报人事部门评的一种专业技术职称；二级建造师是建筑类的一种执业资格，是担任项目经理的前提条件。
二、获取条件不同
工程师：本科参加工作一年即可成为助理工程师，不用考试；满五年后就可以评工程师。
二级建造师：必须参加二级建造师考试，通过后才能成为二级建造师。二级建造师执业资格考试设《建设工程施工管理》、《建设工程法规及相关知识》和《专业工程管理与实务》3个科目。其中《专业工程管理与实务》科目分为：建筑工程、公路工程、水利水电工程、市政工程、矿业工程、机电工程6个专业类别，考生在报名时可根据实际工作需要选择其一。
三、适应范围不同
工程师适用于从事环境科研、监测、评价、规划、工程设计、自然保护、技术信息等工作的在职在岗工程技术人员。
二级建造师是以专业技术为依托、以工程项目管理为主的执业注册人员，近期以施工管理为主。二级注册建造师可以担任二级建筑业企业资质的建设工程项目施工的项目经理。大中型工程项目的项目经理必须逐步由取得建造师执业资格的人员担任。
二级建造师执业资格考试报名条件
凡遵纪守法，具备工程类或工程经济类中等专科以上学历并从事建设工程项目施工管理工作满2年的人员，可报名参加二级建造师执业资格考试。
免试部分科目报名条件
符合上述报名条件，具有工程（工程经济类）中级及以上专业技术职称或从事建设工程项目施工管理工作满15年的人员，同时符合下列条件的，可免试部分科目：
1、已取得建设行政主管部门颁发的《建筑业企业一级项目经理资质证书》，可免试《建设工程施工管理》和《建设工程法规及相关知识》科目，只参加《专业工程管理与实务》1个科目的考试。
2、已取得建设行政主管部门颁发的《建筑业企业二级项目经理资质证书》，可免试《建设工程施工管理》科目，只参加《建设工程法规及相关知识》和《专业工程管理与实务》2个科目的考试。
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