在 《普罗米修斯》 的结尾，幸存的 肖恩博士 独自将人造人“ 大卫” 的头带上了一艘 “工程师” 的飞船，她打算前往自己造物主的母星，弄清这一切的原委。
到了 《异形：契约》 当中， 肖恩博士 突然就成了 大卫 的实验工具，死在了 “天堂星” 上（ 肖恩 对 “工程师” 母星的称呼），那么这段剧情的空白到底发生了什么呢？笔者通过两部电影的概念稿和删减片段将这段时间里发生的故事拼凑了一个大概，今天就为大家解释一下。
首先 肖恩 想要操作 “工程师” 的飞船就不得不借助 大卫 的能力，所以她最初的想法很简单，利用 大卫 能够理解 “工程师” 技术的优势，让他帮助自己控制飞船前往目的地。
不过很快 肖恩 发现自己想得太简单了， 工程师 的飞船过于复杂，不是仅仅通过语言传授就能够理解得了的；再加上没有了躯干的能量供应， 大卫 头部当中存储的意识将会很快消失（也可能是 大卫 故意让 肖恩 相信这一点），于是 肖恩 不得不想办法重新修复 大卫 的头部和身体。
肖恩 这样做的另一个原因可能来自心理层面，因为当时她已经独自在远离地球的异乡生活了几个月，而大卫正是她和人类文明之间最后的一丝联系。从删减的片段可以看到 肖恩博士 的头发长了不少，说明此时距离 普罗米修斯号 坠毁已经过去了很长时间。
大卫 被修复之后并没有选择杀死 肖恩博士 ，相反两人在余下的旅程中相处的十分愉快。由于缺乏水和食物， 大卫 建议 肖恩 进入冬眠，他保证会在到达 天堂星 之前将其唤醒，让她能够与自己的“创造者”见面。这听上去是完全合理的建议， 肖恩 没有理由拒绝，毕竟以 大卫 的能力，想要杀死她简直易如反掌，所以那个时候的 肖恩 已经完全信任 大卫 了。
在飞往 天堂星 的途中， 大卫 也没有闲着，他独自在飞船中 探索 ，研究 工程师 的技术资料。可能正是在这段时期，他对 “黑水” 的认识进一步加深，意识到这种物质并非严格意义上的武器，它对 工程师 这个种族来说还有更深远的影响。
到达 天堂星 之后， 大卫 如约唤醒了 肖恩 ，两人站在飞船的下层甲板俯瞰整个星球，他们看到成群的 工程师 正欢呼着聚拢到他们飞船停靠的位置下方（飞船的底层甲板自动变成透明体）。 肖恩 看到这样的场景流下了眼泪，她认为见到了自己的造物主并且有机会与他们面对面交流，弄清人类存在的意义，但就在此时 大卫 来到了她的身后，扭断了她的脖子。
个人认为这是十分重要的场景，不明白为什么没有出现在正片里。
首先 大卫 遵照了约定让 肖恩 见到了自己的造物主；其次他看到 天堂星 如此破败，心中的失落感油然而生。因为他之前已经对创造自己的人类十分失望了，如今看到人类的造物主也不过如此，自己无论是在智力、体力、生存能力以及道德水准上都要远远优于他们，却反而成了这些生物的创造。
这对 大卫 来说是莫大的讽刺和羞辱，于是他决定用飞船上储存的 黑水 屠灭整个 天堂星 上的 工程师 ，而在这样做之前，他就必须杀死 肖恩 。一方面 肖恩 对 大卫 来说已经没有用处，另一方面大规模使用黑水必然也会影响到她的身体， 大卫 不愿意看到她被黑水物质分解的惨状，所以提前杀死 肖恩 算是一个仁慈的举动。
“黑水” 蔓延的过程中， 大卫 发现了一些有趣的细节，并不是所有的 工程师 都会被立刻杀死，他们中的一部分会在这之前经历一段痛苦的变异过程，就和 普罗米修斯号 船员在 LV-223 上经历的过程类似，只不过这些 工程师 的变异要激烈许多。
从概念图中可以看出，这些 工程师 遭到黑水侵蚀后，头部会被激烈拉长，同时皮肤蔓生出角质层将眼窝和鼻孔包裹住，形成一具只有口腔还露在外面的头颅。不过这些 工程师 变异形成的怪物很不稳定，没多久就会自己死亡。
“既然他们都能创造生命，为什么我不能呢？”
怀着这个想法， 大卫 决定利用 黑水 在 天堂星 上展开实验，试图创造属于自己的全新生命形态。刚开始， 大卫 搜集了许多 天堂星 的原生生物（并不是所有的本地生物都会受到黑水的影响），不过这些生物的体型都太小，要么就是生物质的稳定性太差，无法展开有效的实验。
需要指出的是， 大卫 在这之前已经观察到了从 天堂星 原生生物体内诞生出的 “新变体”（Neomorph） ，不然也无法解释那些在实验室里被解剖的 新变体残骸 ，以及他如何得知这些 新变体 的弱点等等。
不过这些 新变体 显然不能让 大卫 满意（主要是因为稳定性太差，过不了多久就会自我衰亡），他想要创造出更强大、更完美的生物，于是想到了尸体被安全保存起来的 肖恩博士 。
具体 大卫 对 肖恩 做了什么，由于尺度太大，这里就不方便一一描述，至少可以确认的是，他将 肖恩 的每一个身体部位都用到了极致。
不过 大卫 对 异形 的设计是需要其他宿主为其幼体阶段提供养料的，所以他不得不利用 肖恩博士 的声音制作成一段虚假的信息向宇宙深处广播，希望引诱可能的到访者。
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