新余市国土资源局的机构设置是为了更好地履行其工作职责。这个局内部设有11个专门的职能科室，以及四个派出机构，每个部门都有其独特的职能和职责。
首先，内设机构包括：
办公室：负责日常行政管理和协调工作。
人事教育科：负责人力资源管理和干部教育培训。
财务科：负责财务管理与会计核算。
耕地保护科：致力于耕地资源的保护和合理利用。
地籍管理科：负责地籍资料的登记与管理。
土地利用管理科：关注土地的规划和合理利用。
矿产开发管理科：负责矿产资源的开发与监管。
矿产资源储量科（地质环境科）：处理矿产资源储量及地质环境保护相关事务。
规划科：参与和执行国土空间规划策略。
测绘管理科：负责测绘技术与数据管理。
法规监察科：确保所有工作符合相关法律法规。
派出机构则分布在各个区域，分别是：
新余市国土资源局渝水分局：负责渝水区的管理工作。
新余市国土资源局仙女湖分局：负责仙女湖区域的资源监管。
新余市国土资源局经济开发区分局：专注于经济开发区的资源协调和监督。
新余市国土资源局城区分局：负责城区的国土管理工作。
此外，纪检组和监察室作为市纪律检查委员会（市监察局）的派驻机构，负责内部监督和廉政建设。