该校重视学生的科技教育、环境教育，提高学生的科技素质、环保意识。2003年，该校学生学科竞赛总成绩名列全省第二，1人参加奥林匹克国家集训队，6人参加国家冬令营。
26名学生四年学完中学六年课程，考入国内一流大学少年班。考取人数和录取学校的档次，都位居全省第一、全国前列。
2004年高考，该校张沂忱同学以720分荣膺全省理科状元。
2005年，该校黄蓉同学的科技作品“重力驱动式旱冰鞋”参加在美国举行的第5届因特尔国际“科学与工程”比赛，在全国十九个参赛项目仅有八个获奖的情况下，脱颖而出，荣获四等奖，为祖国争得了荣誉。我校也获得“全国青少年科技创新优秀组织单位”称号。
截止2015年，在数、理、化、生物、计算机、科技活动等竞赛中，总计825人次获国际国家、省一、二、三等奖，在全省各中学中名列前三名。
2005年10月，在“第22届全国中学生物竞赛决赛”中，该校刘宏剑同学获国家级一等奖，入选 国家集训队，同时被北大提前录取。
蚌埠二中的“研究性学习”活动已成为学校的一大特色。仅2003年，学生提出八百个研究性课题，结题率达70%以上。在研究性学习的管理上，、该校也形成了一套完整的方案。吸引了省内多所省级示范高中前来学习。安徽省“研究性学习”现场会在蚌埠二中举行，省科协、省教育厅领导出席会议并一致好评。在全省、教育部会议上，我校也作了重点发言。学生的研究性学习成果在国际、国家、省级获奖六十余次，位列全国第一。该校编辑的十余万字的“研究性学习”校本课程教材，由安徽科技出版社正式出版，在全国亦属首例。我校获得“全国青少年科技创新优秀组织单位”称号。2006年黄蓉同学荣获“江淮十大杰出青年”称号。2007年朱娅同学获全国第22届青少年科技创新大赛国家级二等奖。2008年我校李居政同学当选为“安徽省十佳青年学生”。
大胆改革创新，强化常规管理，教学质量全面登上新台阶。学校综合办学水平位居全省前列。
2006年、2007年我校高考一本达线率两次名列全省第三，标志着我校综合办学水平已跻身全省前三甲。高考成绩连续21年位居全市第一。2007年我校有15位学生取得高校保送生资格（皖北片仅有15人，全在我校），创近年来最好成绩。
截止2012年，该校获得多项荣誉：2006年1月，我校被评为“全国依法治校示范校”。 同年，我校又获得“全市依法治市和法制宣传教育先进集体”称号。2007年我校被国家教育部和人事部评选为全国教育系统先进集体（教育系统建国以来首次评选的最高集体荣誉）；2007年我校被评为全国实验区高中化学新课程实施“先进学校”； 2008年我校获得安徽省“未成年人思想道德建设示范校”荣誉称号。2005、2006、2007年我校连续三年被评为市教育系统（政）行风评议优胜单位。2004年被评为市“双拥共建模范单位”。2005、2006、2007连续三年，被授予市“双拥共建先进单位”称号。
2008年8月在“第23届全国青少年科技创新大赛”中，我校李诚、杨白雨同学的参赛项目《高速铁路轨道动态位移双向测量仪》，获全国一等奖和“星光创新思维奖”，该成绩成为我校近十年来在该项赛事中所取得的最好成绩。根据教育部的有关规定，李诚、杨白雨同学取得了2009年高校保送资格。
2008年11月15 日在芜湖一中全国第十四届信息学奥林匹克联赛(NOIP2008)复赛中，该校共有十名学生喜获一、二等奖。理一班的邹逊以330分的高分获得全省第二名。
该校获全国“教育系统先进集体”、全国“绿色学校”、全国“依法治校示范校”等36项国家级、省级荣誉称号，扩大了蚌埠二中在省内外的影响，在全国亦不多见。
2011年高考中，该校张泽同学以699分荣膺全省理科状元。
2015年高考中，该校赵昕玥同学以689分荣膺全省文科状元。
