1968年大联合中，工宣队进驻医院，恢复了医疗活动。经市卫生局批准，成立吉林市第三人民医院革委会。主任赵法忠，副主任是当时进驻医院的工宣队队长丛宪芝。委员由各派群众组织代表参加。医院的机构实行军事化。打乱了原有的行政及医疗科室等编制。整个医院为一个连，下设四个排，排下设若干个班。
1971年12月经市卫生局决定将吉林市中医院并入我院。同时新建4000平方米的病房楼。于1972年1月竣工，设床243张。取消了班、排、连建制。设政工组、医疗组、总务组、外妇科、内儿科、基础科。
1975年按老、中、青三结合的原则组建新的革委会。主任由党总支书记宫守义兼任。 1978年根据全国五届人大会议精神，市委决定不再设革委会。故恢复吉林市第三人民医院名称。医院实行党总支领导下的院长分工负责制。79年床位增加到300张。恢复科室制。任命院长姜才志。
1984年7月吉林市卫生局决定恢复市中医院。并将医院北大街中药制剂室和原中医院职工43名，划归给市中医院。 1980年8月在吉林省中医、中西医结合工作会议上，我院被省卫生厅确定为吉林省中西医结合试点医院。明确了办院方向，在院内成立了中西医结合内科。主要从事临床研究工作。为培养中西医结合人才，搞了以“五定”为内容的中西医结合队伍的梯队建设。五定是：一定突出专科特色，二定一、二、三梯队10人，并签订了为期三年的合同。从而增强约束力。
1985年4月经市卫生局决定将吉林市职业病医院由吉林省第一职工疗养院迁出并入我院。对外保留吉林市职业病医院，院内设独立职业病科，并与郊区白山卫生院联合办了一所职业病分院。
1985年10月实行院长负责制，干部聘任制。由市委宣传部任命院长唐兆兴，副院长李月华、冯乃林、党委书记雷国建。86年陈玺任副院长。
1986年5月26日经省卫生厅批准该院正式更名为吉林省吉林中西医结合医院。同时成立吉林市中西医结合研究中心。7月18日举行了吉林省吉林中西医结合医院命名仪式，陈桂荣副市长省卫生厅刘庆欣副厅长、省中医局苗洪范副局长、中国中西医结合学会吴咸中会长、市卫生局鲁安平局长等领导出席并为医院和研究中心揭匾，来自各方面宾客近百人，参加了庆典。
1987年9月5日市卫生局决定将吉林市职业病医院从我院迁出，职业病科随即撤消。同时建立按摩疗区增设病床。
1988年4月我院与长春中医学院建立了教学医院，并举行签字仪式。
1991年我院新建6700平方米的门诊大楼竣工。4月2日举行门诊大楼开诊典礼。省人大副主任徐元存、市人大副主任刘震海、省中医局副局长苗洪范及市委书记江卓、现市政协主席魏承学、原副市长李挥及市委张秘书长、市政府周庆丰秘书长、国家中医药管理局代表潘筱秦处长、市计委朴奎植主任、市财政局董守清局长、船营区马区长、市卫生局陈生局长等各级领导及各方面来宾200余人出席，徐之存、刘振海同志亲自剪彩。原门诊楼改为疗区、床位增加到545张。 1994年5月院领导班子决定带领全院职工创建三级甲等中西医结合医院。制定了“创三甲工作方案”并经三届四次职代会讨论通过。掀起了全员动员，全员参与的创三甲高潮。全院上下紧跟医院的统一部署，团结拼搏，真抓实干。在五年要基础、三年上水平的基础上又经过二年搞突破、百天倒计时的艰苦努力，取得了中西医结合特色突出，医疗护理质量基础扎实，医院管理科学先进，医德医风优秀的优异成绩。于1995年6月26日至6月28日一举通过国家中医药管理局和吉林省中医管理局的联合评审，被正式批准为国家三级甲等中西医结合医院。
1996年8月19日，授予我院为爱婴医院。
