明朝太祖朱元璋、建文皇帝以及明成祖朱棣都是在南京称帝的,明成祖朱棣统治后期把首都迁到北京,从明成祖朱棣之后,明朝皇帝都在北京称帝的,一直到崇祯皇帝为止。
1644年李自成攻入北京,崇祯帝自缢,明朝灭亡。明朝宗室在南方建立了多个政权,史称南明。清兵入关后,陆续击败弘光、隆武、绍武等诸政权。1662年永历帝被杀,南明覆灭。1683年,清军攻占台湾,奉明正朔的明郑覆灭。
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北京失陷后,史可法等人在南京拥立福王朱由崧,建立弘光政权。弘光帝死后,鲁王朱以海于浙江绍兴监国;而唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下,于福建福州称帝,即隆武帝。而两个南明政权为争夺正统地位互相攻伐。
1646年,清军攻占浙江与福建,鲁王逃亡海外,隆武帝于汀州逃往江西时被俘,绝食殉国,郑芝龙向清军投降。朱聿键之弟朱聿鐭在广州受苏观生及顾元镜拥立,即绍武帝,于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝,即永历帝。
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