根据上述职责，市财政局设19个职能处室：
（一）办公室（行政审批处）
协助局领导处理机关日常政务工作；负责机要、文电、信访、保密、信息、档案、财税年鉴、大事记、电子政务和办公自动化等工作；负责组织综合调研、有关报告和文稿的起草和审核；负责有关会议的组织、政务公开、新闻宣传和对外联络工作；负责市人大代表建议、政协委员提案和上级交办件的督办工作；负责行政审批管理工作。
（二）组织人事处
承担局党委秘书的日常工作；负责拟订并组织实施干部人事制度；负责局机关及下属单位的领导班子和领导干部的日常管理工作；管理和指导局机关及下属单位的机构编制、干部选拔任用、人员调配、劳动工资、人事档案和有关外事等工作；管理县（市）地方税务机关的领导干部；负责局机关和直属单位离退休干部的服务管理工作。
（三）基层工作处（教育处）
负责财税系统精神文明建设、思想政治和教育培训工作；承担文明创建、考核评比、表彰奖励等工作；开展局机关和直属单位干部职工的专题政治理论教育和日常教育培训；承办局党委中心组理论学习的有关工作；指导局干部教育培训中心工作。
（四）法规处
负责有关财税规范性文件的审核工作；拟订并组织实施财税系统依法行政、依法治税工作方案；组织指导本系统财税法制宣传教育、政策效应评估和反补贴案件的应对工作；负责提出本市财税地方性法规、规章的立法计划建议；监督检查地方税收法律、法规执行情况；参与拟订地方性法规和规章草案中涉及财税的条款，参与重大财税案件的审理工作；承办财税行政复议、诉讼、国家赔偿案件和法律咨询服务等工作。
（五）预算局
负责编制中长期财政规划草案；参与制定宏观经济政策，提出运用财税政策实施宏观调控的建议；研究提出全市财政体制方案，并组织实施；拟订各县(市)区有关财政分配政策；提出财力综合平衡方案；办理上、下级财政结算；牵头负责财政综合预算管理，负责一般预算、地方政府性债务计划的编制和管理，并做好相关统计工作；负责制定一般预算管理制度和收支政策；配合有关部门做好行政单位收入分配和津补贴管理工作；牵头负责预算信息公开及“三公经费”统计工作；牵头负责税政政策调研；指导县(市)区和乡镇财政预算管理工作；指导预算会计研究会工作。
（六）国库局
组织实施财政国库管理制度、总预算会计制度和行政事业单位会计制度；研究制定全市财政国库管理改革方案，组织实施市本级改革工作，指导县（市）财政国库管理工作；负责财政专户资金收付核算统一归口管理工作，研究制定预算单位银行账户管理制度，管理和审批本级预算单位银行账户的开立、变更和备案；负责财政预算总会计、财政专户资金及非税征管收入的核算工作；负责财政收支统计，预测分析预算执行情况；负责编制本级财政总决算，汇审全市财政总决算；负责预算单位部门决算的布置和汇审工作；办理县(市)区财政的资金调度和结算；组织实施本级国库现金管理工作；指导国库收付中心工作。
（七）综合处
负责制定全市政府非税收入管理制度和政策；负责编制本级政府非税收入收支计划、统计分析和上下级财政结算工作；负责基金预算编制管理和市级政府专项资金、资金收支计划管理；参与行政事业性收费标准的确定和年度验审等相关监管；会同有关方面制定全市土地、海域、矿产等国有资源收支政策，负责本级土地出让金、海域使用金、矿产有偿使用费管理；负责全市住房资金、彩票市场的监管；负责市本级彩票管理机构财务管理，审核彩票公益金使用计划；负责罚没财物处置的管理工作；负责财政票据管理，指导票据监管中心工作。
（八）基本建设处
负责分管部门（单位）的预决算、基本建设项目的审查监督和财政财务管理有关工作，研究提出相关财政政策；参与编制分管部门（单位）行业发展规划；负责汇总、编制基本建设计划；负责管理重大项目资金；牵头管理市财力基本建设、援疆资金、城市维护和城市建设管理等财政专项资金，会同有关部门安排年度资金执行计划，研究制定相关管理办法；制定基本建设财政财务管理制度；参与政府投融资体制改革的研究，协同有关部门管理建设工程造价、制定政府投资项目的招投标、投资评审等配套制度；指导市重点项目办公室的工作,联系临港重大项目办财务管理工作。
（九）行政政法处
组织实施《行政单位财务规则》和相关会计制度；制定行政单位财务管理制度和综合性开支、涉外开支范围及标准；制定分管部门（单位）的专项资金使用财务管理办法；负责对分管部门（单位）财务基础管理和执行制度、规定情况的监督检查；监督管理道路交通事故社会救助等基金；协同公务用车治理；联系中央单位驻甬机构财务工作。
（十）教科文处
参与研究事业单位改革和优化事业支出结构；研究提出财政支持教科文事业改革和发展的政策建议；组织实施《事业单位财务规则》和相关会计制度；负责事业单位综合性开支标准的制定、修订和解释工作；参与制定事业单位绩效工资改革有关政策；监督分析分管部门（单位）的预算执行情况；负责教科文专项资金的管理。
（十一）农业处（农业综合开发办公室、农村综合改革领导小组办公室）
负责研究财政支农政策；负责编制和监督执行全市及市本级各项财政支农支出预算；拟订和完善财政支农资金使用管理制度和办法；负责编制全市农业综合开发规划；拟订农业综合开发的政策及项目、资金、财务管理制度；监督管理农业综合开发资金和项目的实施；负责拟订全市农村综合改革村级组织建设、村级公益事业“一事一议”筹资筹劳财政奖补等财政政策措施，监管项目资金；承担市农村综合改革工作领导小组办公室日常工作。
（十二）社会保障处
负责编制市本级、汇总审核全市社会保障基金预决算，监督管理基金预算执行，组织基金使用情况监督检查，完善基金财务管理制度；参与制定社会保障、卫生事业改革的有关政策，负责拟订相关改革的财政配套办法。
（十三）工交商贸处
负责国有资本经营预算的编制及相关管理工作；负责有关归口行业及产业的财政扶持企业专项资金的管理；负责市级粮油、棉花、生猪等储备商品的财政专项补贴和风险资金管理；负责分管部门（单位）企业有关财务报表的汇总编报和分析。
（十四）外经金融处
负责外资企业财政年检；负责城市商业银行和农村合作金融机构的财务管理工作；负责管理全市国际金融组织和外国政府的贷（赠）款业务；负责政府外债项目的管理；负责财政预算内行政机构、事业单位和社会团体的非贸易外汇管理。
（十五）会计管理处
负责监管全市会计工作,研究制定全市会计管理制度,组织实施会计法律、法规、制度；负责会计核算制度、会计基础工作规范、企业内控制度规范、会计继续教育和会计从业资格等管理工作；组织全市会计从业资格、会计专业技术资格及注册会计师的考试；开展全市会计领军（后备）人才培养工作；负责管理全市代理记账机构，受委托管理会计中介服务机构；负责指导和监督市注册会计师协会、会计学会、珠心算协会的工作；承担市注册会计师协会行业党委的日常党务工作。
（十六）行政事业资产管理处
研究拟订全市行政事业单位国有资产管理的政策和制度；负责市级行政事业单位国有资产配置、使用和处置等管理工作；指导各县（市）区行政事业单位国有资产管理工作；负责拟订事业单位转制改革的有关财政政策，参与市级事业单位的转制改革工作；主持市资产评估协会秘书处的日常工作；组织开展资产评估行业自律检查；负责组织开展注册资产评估师后续教育培训，以及注册管理、年审等管理工作。
（十七）财政监督局
组织实施市级财政支出绩效评价工作；负责拟订财政支出绩效评价的相关政策、制度和办法，制定财政支出绩效评价指标与标准体系；负责建立与管理绩效评价中介机构库和专家库，组织指导中介机构和专家参与绩效评价工作并对其评价质量进行监督；建立绩效评价工作信息库和绩效评价结果应用机制，提出优化财政支出结构与管理的意见和建议；牵头组织实施各项财政监督职责；研究拟订财政监督检查的政策和制度；监督财税、会计的法律、法规、规章、政策的落实情况；检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策建议；依法查处违反财政纪律案件；负责会计信息质量检查；监督检查财税局内部各职能处室和直属单位履行财税管理职责、单位预算、财务收支与资产管理、内部控制等情况；配合有关部门开展维护财经法纪的宣传教育。
（十八）政府采购办公室
拟订全市政府采购政策，监管政府采购工作；审核、汇总政府采购年度预算和月度执行计划；拟订政府采购目录和标准，审核政府采购方式和进口产品采购；受理政府采购质疑、投诉事宜，负责评审专家库的建设、管理；建设、管理政府采购信息和交易平台，负责信息统计、分析和上报；负责政府采购业务培训、代理机构管理及考核；组织《政府采购协议》文本的修订工作。
（十九）后勤管理处
负责局及系统内的财务管理，组织编制和执行本级及下属单位财务预、决算，拟订经费分配计划并监督检查执行情况；负责局机关后勤保障等工作，协调会务等有关工作；负责有关基建项目的组织筹划工作；管理和指导局机关及下属单位的行政性收费、固定资产、装备、物业和安全保卫等工作；负责税务制服的管理工作；管理招待所工作。
机关党委。负责市局机关和直属单位的党群工作。
