中国人民解放军防空兵指挥学院的历史可以追溯到1949年9月，其前身是著名的高射炮兵学校。历经多次变迁，学院最初位于某地，后来在1986年正式定名为郑州高炮学院。1999年，学院更名为郑州防空兵学院，标志着其在防空领域的重要地位进一步提升。
2004年6月，学院经历了一次重大改革，由中央军委主席江泽民签署命令，将原郑州防空兵学院合并了其他两所学院的部分教育资源，从而诞生了新的中国人民解放军防空兵指挥学院。这一整合标志着学院的规模和职能进一步扩大，同时也体现了国家对防空兵部队人才培养的重视。
防空兵作为一支在战火中磨砺成长的战斗力量，自1987年起被确立为陆军独立兵种。为提升防空兵部队的军事人才素质，推动其快速发展，中央军委决定成立专门的指挥学院，即防空兵指挥学院。该学院的主要职责是为全军防空兵部队培养中初级指挥员、参谋和技术人员，同时致力于防空兵作战理论的创新、实战模拟研究以及建设决策咨询。
自学院成立以来的五十多年间，它已为防空兵部队和军队院校输送了数万名优秀的指挥员、专业技术人员和教员。学院设有防空兵指挥、雷达、指挥仪、通信、遥控靶机、火力控制、指挥自动化等多个专业，目前在校学员总数超过3000人，是一所涵盖硕士研究生、本科、专科等多层次人才培养的初级指挥学院。
中国人民解放军防空兵指挥学院是全军陆军唯一的防空兵指挥学院，隶属于总参谋部，担负着为陆、海军防空兵部队培养初级指挥军官和为外军培养军事留学生的任务。学院地处河南省省会郑州市中心，占地890亩，交通方便，气候宜人，整个校园宽敞整洁，风景秀丽，是上级命名的园林式营院。学院目前拥有马克思主义中国化研究、计算机应用技术、武器系统与运用工程、兵种战术学、作战指挥学、军事运筹学、军队管理学、军队政治工作学和军事装备学九个硕士学位授权点。