苻坚统一了北方以后，便想南下进攻东晋，据《晋书》记载，苻坚进攻东晋，统一全国的决心非常大，他说：“我登皇帝位已经很久了，北方全部统一，只有东晋还在南方存在着，我一直为没消灭东晋而感到不安，甚至连饭都吃不下去。现在我全国兵力可达百万之多，文武将官人才济济，讨伐东晋将会像秋风扫落叶一样简单！”
苻坚一说出进攻东晋的打算以后，立即遭到朝中大多数大臣的反对。
苻坚最器重的大臣之一——左仆射权翼说：“现在晋国虽然力量薄弱得很，但还比较清明，还有一帮子像谢安这样著名的大臣在辅助，朝廷内部团结得很，老百姓生活也很安定。这时候向东晋进兵，恐怕很难有胜利的把握。”苻坚却不同意这种意见，他说：“东晋君臣固然是比较开明的，开明的君主在历史上有的是，难道秦始皇消灭六国时，六国的君臣都是残暴无道的吗？”
苻坚的弟弟苻融也坚决反对进攻东晋，他说：“我们边境上布满了鲜卑、羌、羯等部落，他们和我们始终是仇敌。如果这时候我们起全国大军南下，国内必定空虚，这些部落的首领如果乘机发兵攻我后方的话，那我们不但灭不了东晋，连自己国家的领土都要受到侵犯，这是一件非常冒险的事情。”苻融还用王猛临去世前的话提醒苻坚，说王猛告诫过苻坚，千万不要南下攻晋，重点要防备边境上和国内的各少数民族部落。苻融苦口婆心地说了许多，但苻坚怎么也听不进去，还是坚持要南下出兵。有的大臣还指出，东晋依靠长江天险，我军渡不过去，苻坚骄傲地说：“我有大军百万，骑兵们把马鞭扔进长江，便堵断了长江的流水，长江天险有什么可怕！”
在大臣们反对南下的争吵中，却还有一些人坚决主张南下，秘书监朱彤说，攻打东晋一定会马到成功，只要我军一到，晋国守军就会纷纷溃散逃跑，用不着打仗便胜利了。还有一些人则唯恐天下不乱，竭力鼓动苻坚攻晋，想乘乱夺权，如后来的后燕国主慕容垂、后秦国主姚苌当时都在苻坚朝中任职，他们对苻坚说：“进攻东晋，只在皇帝一人决定，不要听大臣们吵吵闹闹的，当年司马炎进攻吴国时，不也有许多人反对吗，结果还是胜利了。”这么一来，苻坚更下定了决心，发出了进攻的命令。他令苻融为前锋主帅，领兵25万，先行出发。苻坚自己率领60万大军，从长安出发，又下令益州、凉州、幽州、冀州各路首领同时发兵，大军100多万，前后列队1000多里，水陆并进。
在这段时间里，东晋朝廷内部还比较安定团结。桓温还未暴露出夺权的野心就死了，桓温的弟弟桓冲掌管着东晋的大部分兵权，镇守在长江上游；谢安为司徒，谢玄为广陵相兼管江北军事，又兼领徐州刺史，镇守广陵。大臣之间比较团结，军事力量也相当强，谢玄在广陵训练出以刘牢之等人为将领的北府兵，作战非常勇敢，战斗力很强，完全可以抵御外敌的进攻。应该说，东晋这时是相当强盛的。
苻坚大军出发，到九月时，前锋苻融25万大兵已到颍口。东晋江淮一带守军立即飞报朝廷，晋孝武帝立即召谢安等大臣商量抵抗秦军的事情，任命尚书仆射谢石为征虏将军，任徐、兖二州刺史谢玄为前锋都督，与辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等领兵8万抵御秦军前锋。用8万人抵抗25万人，在数量上明显不利，朝中军民心中恐慌，连谢玄自己也没把握，特地向叔叔谢安问计，谢安说：“已经有了安排了。”谢玄不便再问，过了好一会儿，又让自己的部下张玄再次问计，谢安悠悠地说：“等明天再说吧。”
第二天，谢玄急匆匆地去向谢安登门请教，谢安正在召集亲戚朋友一道去山中别墅内游玩，让谢玄陪着一起去，谢玄只好一道同行。一直玩到深夜才回家，谢安仍然闭口不谈打仗的事情。过了两天，桓冲派人送信，要选3000精兵来帮助守护建康，谢安对使者说：“朝廷已经布置好了，兵员够用，请桓将军留下人马自己用吧。”使者回报桓冲，桓冲认为谢安没本事，只派他自己的儿子、侄子领兵，一伙小青年，哪懂行军打仗的事情，心里暗暗叫苦。
不久，苻融大军攻下寿阳，活捉了守将徐元喜。
晋将胡彬在增援途中听说寿阳已破，便退守硖石，秦军大举进攻硖石，秦卫将军梁成又领兵5万，沿淮河安营，阻住东晋军队前进道路。谢石、谢玄大军来到洛涧，距梁成军队25里处，停下来不敢前进。胡彬被秦军围住，援兵又不能到达，写了一封信给谢玄和谢石，告诉他们说军中粮食已经没有了，请求赶快出兵支持。哪知道送信的人又被秦军捉去了。苻融得到了这个消息，立即派人告诉苻坚说：“晋军兵力不多，抓紧进攻，不要让晋军逃走！”苻坚这时大军刚到项城，得到这一情报，便留下主力，自己领着8000人昼夜行军，赶到苻融军中。
苻坚想：“如果晋军能投降的话，免得打仗，最好不过。”便派原来是晋国将领的朱序去向谢石劝降。朱序接到这一任务，来到晋军营中，反过来对谢玄、谢石说：“苻坚有大军百万，现在只有30来万到达，应趁早发兵攻击！”谢玄送走朱序，便和谢石、谢琰商量进攻办法，决定先在洛涧进攻梁成的军队。
谢玄派自己的北府军首领刘牢之领精兵5000人，直奔洛涧，北府兵人人奋勇。刘牢之一马当先，直冲入梁成阵中，一槊打死了主将梁成，又砍死了弋阳太守王咏；谢玄、谢石又接应过来，把秦军5万人马杀得死伤1万多。苻坚、苻融听到梁成失败的消息，赶快退进寿阳，登城远望，只见晋军队伍整齐，铠甲明亮，八面威风，苻坚心中感到不安，又调过头看到八公山上草木一片深郁，好像有千军万马，苻坚心惊肉跳地说：“这也像是大军呢！”“八公山上，草木皆兵”的成语便是这么来的。
苻坚、苻融虽然害怕，但还是要和晋军决一死战，率领军队到淝水（又名东肥河，发源于安徽合肥西北将军岭，经寿县、淮南八公山，入淮河）安营，准备和晋军决战。谢玄大军到了淝水，因秦军在对岸堵住，不能过河，谢玄向秦军喊道：“请你们后退一段路，让我们渡过去，和你们决战！”苻坚的将官们反对后退，可苻坚说应该后退，不然什么时候才能决战呢。苻坚又说：“我军后退后，晋军渡河，乘他渡到一半时，发兵攻击，这不是稳操胜算吗？”大家认为不错，连苻融也同意。
秦军正列着整齐的队伍，一退便不可收拾，晋军先头部队渡过河后，便用弓箭射击秦军，秦军只顾后退，来不及反攻，忽然听到有人大声呼喊：“不得了，秦军败了！”这么一喊，秦军更加慌乱起来，拼命后退，人马乱成一堆。苻融骑马来整理乱军，怎么也堵不住！忙乱中苻融被战马摔到地下，晋军正好追到，一拥而上，把他砍死。
秦军一败，不可收拾，苻坚吓得连乘坐的车子都丢掉了。秦军连逃了几天几夜，听到刮风声和鹤鸣声都以为是晋军追来了，更加快了逃命的速度，“风声鹤唳”的故事便出在这里。秦军百万，战死的不多，互相踩踏而死、逃命累死、病死的却占大多数，这就是历史上有名的淝水之战。
当谢石、谢玄大获全胜的消息传到建康时，谢安正在下棋，接到书信，随便看了一眼，便放在桌上，继续下棋。客人问是什么事，谢安说：“小儿辈已经打败了苻坚了。”客人向谢安祝贺，谢安装着一副不在乎的样子。下完了棋，客人告辞，谢安回室内去，心里高兴，连木屐的齿脱落了都不知道，一脚高一脚低地在屋中走来走去。
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