绿藻是有益的，可以利用光合作用产生鱼类所必须的氧气，而蓝藻则是有害的，可以引起鱼类死亡，但是绿藻过多也不利于鱼类生长，因为在夜晚它们要进行呼吸作用，消耗水中氧气，使鱼类缺氧，严重则引起死亡。
藻类能分解硝酸盐，对水质有好处，但是影响观赏性。
物理清除法：
简单的说就是拿刷子去刷，市面上卖的磁铁刷，鱼缸刷都很好用，同时换水，效果极佳。缺点是麻烦，角落等地方不易清除，缸子大的话更是大工程。
化学清除法：
使用除藻剂，效果普通，优点是对任何藻类都有效，且可有效清除附着在水草、沉木等不易清除地方的藻类。缺点是依据品质不同对鱼和生态平衡有一定程度的冲击。
生物清除法〔最佳方式〕：
使用除藻动物（如：笠螺，.白玉飞狐，琵琶鼠、黄金琵琶鼠，黑壳虾，大和藻虾）来控制藻类的数量，效果为三种中所花费时间较长，但最安全也最省力的方式。