积极加强国内外的交流与合作,作为扬州大学第四临床医学院,开院初与上海复旦大学附属中山医院、儿科医院、肿瘤医院结成技术协作医院,成立复旦大学附属中山医院南通合作医院、复旦大学附属儿科医院南通合作医院、复旦大学附属肿瘤医院南通诊治中心;与韩国三星医疗院、德国Asklepios医院结成姊妹医院。2003年底、2004年初分别与复旦大学附属华山医院、北京安贞医院联合成立复旦大学附属华山医院南通(瑞慈)脑科中心、北京安贞—南通瑞慈心脏中心。并成为美国通用电气公司中国区医疗设备示范医院、德国LAOTONG公司微创手术设备示范医院、国际大肠癌学会中国临床基地。
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