漳州市财政局的内设机构分工明确，各司其职，确保财政工作的高效运行。
办公室负责处理日常政务、会议组织、文件起草、信息管理、文电保密、信访保卫、财务管理和协调等工作，同时还负责人大建议和政协提案的办理以及政府绩效考评。
人事教育科主要负责财政系统干部职工的教育培训、人事管理、机构编制上报、报表编制、人员调动及退休审批等工作，确保人事工作的规范化和有序进行。
预算科负责年度预算的编制、分析与执行，参与政府债务管理，管理专项资金项目库，审查和批复预算，指导县乡预算管理。
国库科负责财政资金调度，实施金库和政府总预算会计制度，管理市级财政银行账户和预算外资金。
行政政法科负责行政经费的财务管理和监督，与行政、公检法等部门协调经费开支标准和预算。
教科文科主导事业单位财务规则，研究教育文化事业政策，监督预算执行，检查项目资金使用效益。
其他如经济建设科、农业科、社会保障科、外经科、企业科等，分别负责各自领域内的财政政策研究、预算编制、资金管理和监督。
综合科负责财税改革、预算外资金管理、外汇管理、彩票制度等综合事务。
外债科负责全市政府外债的管理，包括国际财经研究、贷款项目谈判和资金管理。
农税科负责农业税收的征收和管理工作，确保税收法规的执行。
会计科负责全市会计工作管理，包括会计改革、社会审计、会计委派等。
监督检查科负责财政监督和检查，确保财经法规的执行。
机关党委主要负责党的路线、方针、政策的宣传和落实，党员的管理和监督，机关精神文明建设等。
税政条法科负责税政工作的落实、减免税审核、税收政策研究和法制宣传教育。
龙池开发区财政分局作为独立法人单位，负责龙池开发区的财政事务，包括预算编制、资金管理等。