根据上述职责，市财政局设19个内设机构：
（一）办公室
负责机关日常工作的协调和督办；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；负责来信来访、政务公开、安全保密、综合治理、维护稳定工作；负责信息、综合调研、宣传报道等工作；负责人大代表建议、政协委员提案办理工作；负责指导本系统对外交流、合作工作。
（二）人事科
负责机关和直属单位机构编制、干部队伍建设、人事管理、劳动工资、教育培训等工作；负责纪检、监察工作；负责离退休人员管理服务工作；负责市直行政事业单位财务负责人的任免工作。
（三）机关财务科
负责机关和直属单位财务会计、固定资产管理、基本建设、内部审计等工作；负责做好局机关干部职工的医保、社保等保险工作。
（四）综合规划科（市津贴补贴工作办公室）
负责承担物价、移民、住房公积金中心、国土资源储备中心等方面的部门预算有关工作，研究提出相关财政政策；负责组织起草市本级非税收入管理政策，承担市本级非税收入征收缓、减、免的审核和呈报；负责中长期财政规划编制；负责市本级行政事业单位津贴补贴工作；参与征地拆迁补偿政策制定和征地拆迁项目、公寓楼安置小区成本审核与资金监管；负责市本级土地储备资金运行监管，参与市城区储备土地收购审查及资金清算工作；负责市本级国有土地出让收入征管；管理移民、体彩、福彩、价格调节等专项资金，负责审批全市行政事业性收费立项并参与标准核定；负责市本级彩票管理工作。
（五）税政法规科
负责法律法规和政策的宣传，提出组织实施意见；组织拟订本行业法律法规和政策实施办法；负责机关规范性文件合法性审核；负责行政执法监督工作；负责行政复议、行政应诉、行政赔偿等工作；负责一般增值税退税审核呈报工作；协助有关部门调处市直单位产权纠纷；负责地方税源调查的有关工作，参加有关反倾销的调查。
（六）预算科
负责制定和修订地方预算管理制度；编制市本级年度预决算草案，汇总全市年度财政预算；承担市直部门预算布置、审核、批复、调整及公用经费支出标准体系建设及项目库管理工作，办理预算追加事宜；负责制定地方财政转移支付方案；负责财政年终结算；承担向市人大报告预算编制、预算调整、预算执行情况和财政总决算的具体工作；负责财政供养人员信息库管理工作；负责管理财政罚没收入；负责指导县市区预算管理工作。
（七）国库科
负责国库管理和总预算会计工作；负责国库集中收付有关工作；负责全市预算执行情况分析和市本级收入组织协调工作；负责汇总编制预算外收支季报及执行情况分析；负责汇总编制市本级和全市财政总决算及部门决算；负责财政资金调度，管理市本级财政性资金账户；负责市本级行政事业单位账户设立的审核及年检；办理预算内外资金收支结算拨付；负责处理农村“两会一部”遗留问题；负责审计部门审计市级预算执行和其他有关财政收支情况的联络协调工作；会同有关部门，拟订全市工资统发有关政策，组织市级预算单位工资发放工作；负责指导县市区财政国库和集中收付管理工作。
（八）行政政法科
承担行政、政法等方面的部门预算有关工作，研究提出相关财政政策；组织实施《行政单位财务规则》等有关财务管理制度；负责制定会议费、差旅费等政府性开支标准；制定部门和项目资金的财务管理办法；承担统一着装管理工作；指导分管部门和单位的资产、财务管理，审核年度财务决算；负责市直行政基建管理工作。
（九）教科文科
承担教育、科技、文化、广播电视等方面的部门预算有关工作，研究提出相关财政政策；组织执行事业单位的财务管理制度；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作，按规定管理教育、文化等相关专项资金；制定部门、单位和项目资金使用的财务管理办法；负责指导分管部门和单位的资产、财务管理，审核年度财务决算。
（十）经济建设科
承担建设、规划、城管、国土资源、环保、交通、粮食、供销等方面的部门预算有关工作，研究提出相关财政政策；负责城建资金的支出管理；对专项资金追踪问效，参与财政投资重大项目的前期研究、项目评估和投资概算的确定及招标工作；组织实施基本建设财务制度；负责国家投资建设项目的财政财务管理；管理有关政策性补贴、节能减排、粮食风险基金、土地整理、交通发展及城市管理等专项资金。
（十一）农业科
承担农业、林业、水利、扶贫等方面的部门预算有关工作，研究提出相关财政政策；执行财政支农、财政扶贫政策；管理有关支农专项资金、财政扶贫资金、水利建设资金、防汛抗旱资金、农业救灾防灾资金、动物疫病防控等专项资金，并对专项资金追踪问效；负责农业保险工作；负责指导农业综合开发工作，会同有关部门管理农业综合开发资金。
（十二）社会保障科
承担人力资源和社会保障、民政、卫生、食品药品监督管理、残联等方面的部门预算有关工作，研究提出相关财政政策；参与研究社会保障制度的改革并提出有关建议，完善并执行社会保障、就业、民政、卫生、残疾人保障等政策；管理有关社会保障、就业、医疗卫生、社会救助及残疾人保障等专项资金；研究拟订有关资金（基金）财务管理制度；负责社会保障资金（基金）的财政监管以及预算、决算编审工作。
（十三）企业科
承担经济和信息、安全生产、国有资产监管等方面的部门预算有关工作，研究提出相关财政政策；参与分管部门行业发展规划的研究制定工作；参与研究政府与国有企业分配政策，提出调整建议；参与研究国有资本经营预算的有关工作；组织实施企业财务制度和企业财务报告编制工作；管理有关科技、工业发展等相关专项资金，对专项资金追踪问效；对财政支持的项目组织可行性分析论证，提出预算安排的重点及顺序。
（十四）对外经济贸易科
承担商务、旅游、外事等部门预算有关工作，研究提出相关财政政策；拟定和组织实施外经贸、旅游和境外企业、外商投资企业和外事财务制度；负责外商投资企业年检、年审及年报汇编工作；负责审核财政预算内行政、事业单位和社会团体非贸易购汇人民币限额；管理招商、外事、旅游等专项资金；拟订国际金融组织、外国政府贷（赠）款项目的管理制度及办法，承担贷（赠）款的具体管理工作；参与招商引资服务工作。
（十五）绩效评价科
研究制定财政支出绩效评价政策、制度和办法，建立财政支出绩效评价指标体系和评价标准；组织实施市级财政支出项目的绩效评价工作；建立健全绩效评价资料信息库，研究绩效评价结果应用，为制定财政政策和分配财政资金提供依据。
（十六）会计科
负责全市会计管理工作，贯彻落实国家会计法律、法规和制度；负责拟订会计管理规范性文件并组织实施；管理会计从业资格；按规定承担全市会计专业技术资格管理工作；组织管理全市会计人员继续教育工作；承担指导和监督会计师事务所业务的工作；联系指导会计学术理论研究及相关学会等工作；协助办理市直行政事业单位会计负责人任免及会计人员奖惩考核工作；负责监督管理代理记账机构；指导、监督和推广全市会计电算化和会计信息化工作。
（十七）资产管理科
负责贯彻落实国家行政事业单位国有资产管理的有关法律法规；研究制定行政事业单位资产配置、使用、处置、监管等制度和办法；负责市本级行政事业单位产权界定、资产清查、资产配置、资产使用、资产处置等监管工作；建立和完善行政事业单位国有资产信息系统，对国有资产实行动态管理；指导产权交易市场建设，监督管理行政事业单位产权交易事项；拟订清产核资的有关政策和制度并组织实施。
（十八）监督检查科（市财政监督检查局）
负责拟订财政监督检查制度，协调财政监督检查与其他经济监督的工作关系，研究拟订强化财政监督检查的建议或措施；监督检查财税法规政策、制度和财经纪律的执行情况，对存在的问题依法进行处理，并提出完善财税法规、财会制度和加强财政管理的意见和建议；监督检查财政预算的编制与执行，各项财政收入的征管和财政资金的分配、使用、效益情况，主要包括本级预算收入征收部门征缴预算收入、国库办理预算收入的收纳、划分、留解、退付和支出拨付、使用以及下级财政上缴上级财政收入、有关部门征收、解缴、管理各项非税收入等情况；负责企业国有资本金和会计信息质量的监督检查；负责对财政专项资金实行绩效监督；负责对追加财政资金实行审核监督；负责对市辖区的财政进行监督检查；负责对违反财税法规、政策和财经纪律、财务会计制度的行为进行检查处理，并依法做好违规款项的收缴入库工作；负责对国有资产、地方金融资产的保值增值情况和政府债务收支行为等其他领域的监督检查；受理违反财税法规、政策、制度的重大举报案件，配合有关部门开展维护财经纪律的宣传教育；监督检查局内各科室、单位执行财政财务法律、法规、政策及财政预算编制、执行、调整等情况，对违纪违规问题提出处理意见；负责对全市财政系统财政监督检查工作进行业务指导。
（十九）信息科
负责拟订全市财政系统电子政务建设规划，并组织实施；负责国库集中支付计算机管理系统的建设、日常维护和数据备份工作；负责建设和管理市财政局机关局域网，指导和管理全市财政系统广域网建设；负责对局机关各业务科室的计算机系统进行备份，并承担其与财政业务有关的计算机集成和信息服务工作；负责局机关办公自动化建设和计算机网络系统的安全保密工作；负责局机关干部计算机知识培训。配合市财政投资评审中心有关市直行政事业单位信息化建设方案中资金的评审。
机关党委。负责局机关和直属单位的党群工作。
