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转录组测序和基因组测序
基因组
,基因组文库,cDNA文库 三者有什么区别?
答:
基因组,Genome,一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组,或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。可是
基因组测序
的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此,基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。说的更确切些,核基因组是单倍体细胞...
单个
基因
敲除后做
转录组
意义大吗
答:
单个基因敲除后做
转录组
还是有一定意义的。基因敲除是用含有一定已知序列的
DNA
片段与受体细胞
基因组
中序列相同或相近的基因发生同源重组,整合至受体细胞基因组中并得到表达的一种外源DNA导入技术。它是针对某个序列已知但功能未知的序列,改变生物的遗传基因,令特定的基因功能丧失作用,从而使部分功能被屏蔽,...
蝾螈蝾螈
测序
答:
包括蝾螈胚胎和幼体的心脏、四肢和眼睛。他们的研究结果显示,蝾螈
转录组
包含超过120,000个RNA转录本,其中约15,000个编码蛋白质,其中甚至有826个是蝾螈特有的。令人关注的是,一些基因序列在原始组织和再生组织中表现出差异性表达。这些发现近日已被发表在《
基因组
生物学》杂志上。
外显子捕获
测序和转录组测序
分析有什么不同
答:
答:外显子捕获
测序和转录组测序
都是针对
基因组
上转录区域进行测序,但是外显子捕获测序针对已有基因组信息的物种,而转录组分析既能针对已有基因组信息的物种,也能针对没有基因组信息的新物种,因此,两者的分析存在一定的差异:(1)分析的目标区域有所不同。外显子捕获测序只针对基因组上已知的编码区...
生信课程笔记10-变异的识别
答:
HISAT2 是一款利用改进的BWT算法进行序列比对的软件。由约翰霍普金斯大学计算生物学中心(CCB at JHU)开发,是TopHat的升级版本,速度提高了50倍。利用 HISAT2 + StringTie 流程,可以快速地分析
转录组测序
数据,获得每个
基因和
转录本的表达量。首先需要构建参考
基因组
索引用于下一步的比对。HISAT2提供了...
转录组
数据中RPKM代表什么
答:
RPKM是Reads Per Kilobase per Million mapped reads的缩写,代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。RPKM是将map到基因的read数除以map到
基因组
上的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。在衡量基因表达量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表达量,在统计上是不...
建库
测序
中的若干问题(1)
答:
常见的碱基不平衡文库有BS甲基化文库、单细胞
转录组
文库、PCR产物文库等,为了减少碱基不平衡对
测序
结果的影响,通常会混入一定比例的phix文库。Phix 文库是校准文库 ,是 illumina 的一种试剂,来源于病毒
基因组DNA
。其基因序列已精确知晓,GC 比例约为 40%,与人类、哺乳类的基因组的 GC 比例接近。其...
【2020-7 NG】晚期前列腺癌的
DNA
甲基化landscape
答:
本研究是在转移性肿瘤中,整合了全
基因组
、全基因甲基和全
转录组测序
的进行分析,全面概述了甲基化在转移性抗去势前列腺癌中的重要调控作用。 胞嘧啶残基
DNA
甲基化是一种普遍存在的表观基因组调控机制。DNA甲基转移酶在鸟嘌呤(CpG二核苷酸)附近的胞嘧啶核苷酸的5碳上加一个甲基,生成5mC核苷酸。除了富含CpG的低甲基化...
WGS,WES,RNA-Seq
与
ChIP-seq
测序
区别
答:
测的是目标蛋白结合的
DNA
序列,取决于目标蛋白的结合能力,所以它的分析要点就是这些DNA序列在
基因组
的位置。深度在大部分区域都是均匀的(反应捕获效果,或者拷贝数变异);
转录组测序
一定是不均匀的,一外显子为单位的不均匀(反应表达量差异);的测序深度也是不均匀的,以每个碱基为单位的不均匀(...
转录组和
蛋白质组有何异同之处
答:
组学omics,研究的是整体.按照分析目标不同主要分为基因组学,
转录组
学,蛋白质组学,代谢组学.基因组学研究的主要是
基因组DNA
,使用方法目前以二代
测序
为主,将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装.当然这仅仅是第一步,随后还有繁琐的基因注释等数据分析工作.转录组学研究的是某个时间点的...
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