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WGBS数据解读
WGBS
vs RRBS
答:
最简单的方法是做全基因组亚硫酸氢盐测序(
WGBS
)。但是,你需要足够的read深度来准确的判断甲基化状态。当你要进行的测序是基于一个大基因组(小鼠或人)时,这可能导致测序的成本过高。作为一种可选方法,你可以把检测DNA甲基化的重点放在基因组的一个特定子集上,从而减少实验的
数据
量和随后的成本。一...
简化甲基化测序和甲基化测序的区别
答:
全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)
可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基(C碱基)的甲基化水平,是DNA甲基化研究的金标准
。WGBS能为基因组DNA甲基化时空特异性修饰的研究提供重要技术支持,能广泛应用在个体发育、衰老和疾病等生命过程的机制研究中,也是各物种甲基化图谱研究的首选方法。常规全基因组甲基化...
甲基化测序 (
WGBS
/RRBS/TBS)的去重(de-duplication)问题
答:
高通量测序之duplicated reads 试论NGS
数据
的Duplication问题 如何去除二代测序数据中的PCR duplication才科学?对于甲基化测序来说,主要根据建库的不同来看是否需要去重:
DNA甲基化测序
数据
处理(一):数据比对
答:
此处略过,请自行了解(示例文件为
WGBS
单端测序文件)。Bismark官网 需要用户已经装好bowtie1/bowtie2 此处使用测试
数据
test.fastq (from SRR020138, Lister et al., 2009; trimmed to 50 bp; base call qualities are Sanger encoded Phred values (Phred33)).--cytosine_report 参数会根据当前...
R语言 -- 寻找差异甲基化区域(DMR)-- DSS 包
答:
N 为 总reads数,X 为甲基化的reads数,因此需要转化一下
WGBS数据
需要 smoothing = TRUE ,RRBS等测序方式官方建议也最好加上,虽然对结果影响不大:如果提供的数据列名不是 chr pos N X 则会报以下错误:注释结果可直接用于各种分析~大力感谢: 使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域 ...
干货分享|三代人目标区域测序技术
答:
将nCATS甲基化数据与
WGBS数据
进行了比较,结果显示每个CpG相关性为0.81。该方法将促进长读长测序技术在医学研究和临床中的应用。针对感兴趣的基因或区域定制特异性探针,通过探针与基因组DNA进行杂交,将目标区域片段捕获富集后进行测序分析研究。但该技术由于建库环节中存在PCR扩增环节,会丢失碱基修饰信息,...
【2020-7 NG】晚期前列腺癌的DNA甲基化landscape
答:
在比较良性前列腺癌和原发性前列腺癌,以及原发性前列腺癌和mCRPC时,我们使用了公开的
WGBS数据
和局部PCa样本11来识别差异甲基化区域(DMRs)。原发性前列腺癌的甲基化程度明显低于良性前列腺癌。此外,mCRPC样品的甲基化程度明显低于原发性PCa。在良性PCa和原发性PCa的DMRs中,55%与原发性PCa和mCRPC的DMRs重叠。 癌症中...
差异甲基化分析R包methylkit、DSS和dmrseq的比较
答:
methylkit:用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及
WGBS
的测序
数据
。此外,也可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基对分辨率数据。DSS:该软件包专为高通量测序数据的差异分析而设计,依赖于bsseq包。它提供了用于分析RNA-seq 差异表达和亚硫酸氢盐测序 (...
一时兴起的BS-seq 分析讲座
答:
最后再看人数情况选择是以视频形式还是以文字形式来进行,亦或者直接宣布计划流产。通过这一列内容可能主要包括 DNA甲基化的背景、DNA甲基化的研究方法、DNA甲基化主要应用的方向、以DNA甲基化测序金标准
WGBS
为例来带领大家掌握 BS-seq 分析以及这其中的一些小技巧。以下为一个初定的目录:
北京百迈客生物科技有限公司的技术服务
答:
二代测序技术迅速发展,广泛用于各种DNA研究,尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。运用生物信息学手段对序列进行拼接组装,比对分析,最终对研究物种进行全面
解读
,为后续研究该物种的生长、发育、进化、起源等重大问题搭建一个高效平台,并为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。百迈客凭借领先的...
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