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MP树
分子进化树构建及数据分析方法介绍
答:
构建
MP树
,最好的工具是PAUP,但该程序属于商业软件,并不对学术免费。因此,作者并不建议使用PAUP。而MEGA和PHYLIP也可以用来构建进化树。这里,作者推荐使用MEGA来构建MP树。理由是,MEGA是图形化的软件,使用方便,而PHYLIP则是命令行格式的软件,使用较为繁琐。对于近缘序列的进化树构建,MP方法几乎是...
怎样找到菌的相似序列,怎样做细菌系统发育树?
答:
构建
MP树
,最好的工具是PAUP,但该程序属于商业软件,并不对学术免费。因此,作者并不建议使用PAUP。而MEGA和PHYLIP也可以用来构建进化树。这里,作者推荐使用MEGA来构建MP树。理由是,MEGA是图形化的软件,使用方便,而PHYLIP则是命令行格式的软件,使用较为繁琐。对于近缘序列的进化树构建,MP方法几乎是最好的。构建ML树可...
构建进化树常用的方法及软件
答:
一般最常用的是贝叶斯,其次是ML和MP 在使用NJ过程中容易产生LBA Long-branch attraction(长吸枝现象)对于NJ和ML分析蛋白质序列选择 Poisson Correction 泊松修正 核酸序列选择 Kimura 2-parameter kimura-2参数 Bootstrap>70 认为构建的进化树较为可靠 序列比对建议用ClustalX 建NJ或
MP树
,用MEGA就可以了...
系统发育树
答:
构建系统发育树的方法多种多样,既有基于距离的方法,如非加权组平均法(UPGMA)和邻接法(NJ),它们基于序列间的差异;也有基于特征的方法,如最大简约法(
MP
)和最大似然法(ML),这些方法更注重序列本身的特征对齐和进化解析(图2 A)。UPGMA,作为最基础的距离矩阵方法,通过序列聚类构建有根树,...
如何用mega进行核酸一致性分析
答:
构建
MP树
,等等。对于NJ和ML,等等,对于核酸序列使用Kimura-2参数模型,做树的时候参数的设置,然后是MP,所构建的进化树其拓扑结构可能存在问题,从参数少,一般选择Kimura 2-parameter(Kimura-2参数)模型,使用非常方便,模型间的差别也不大,“想做一个进化树,做的进化树不知具体怎么分析”,因为...
列举几种构建系统发生树的方法。
答:
【答案】:(1)用基于距离的方法构建系统发生树,如UPGMA方法。(2)基于字母特征构建进化树。基于字母特征的方法是通过对利用序列比对得到的亲缘关系所构建的候选树的进一步分析来构建进化树。(3)最大吝啬法(
MP
)。该算法的主要思想是利用拥有最短可能分支长度的进化树将是最好的系统发生树。
豉甲的发育分析
答:
此外,用对应的氨基酸序列生成的ME和
MP树
与第二密码子数据模块分析的结果一致。在代表豉甲科三个亚科的13个种中,根据核苷酸及对应的氨基酸序列,用PAUP和MrBayes生成了多个最优树中,亚科Orectochilinae和Gyrininae以高的支持率形成了单系。然而,来自亚科Enhydrinae的种Porrorhynchuslandaisi landaisi...
一起来爬聚类树!
答:
基于特征:
MP
(Maximum parsimony 最大简约法)、ML(Maximum likelihood 最大似然法)、BI(Bayesian Inference贝叶斯法)建树完成,一般需要用bootstrap(自展率)或者Posterior probability(后验概率)来评估 这种方法是最准确,但同时也最慢【貌似这是软件的通病,比如比对软件STAR也是如此】软件的官网在: ...
分子进化与小进化讲了不一样的故事,两者的区别和联系在哪里?
答:
排列实验(PTP, permutation tail probability):对
MP树
的分值和那些通过对每一个位点都进行大量排列组合而得到的数据所推算出来的进化树的分值进行比较,从而决定在原始数据中是否存在系统发育信号。自引导评估(bootstrap ): Bootstrap是由Felsenstein (1985)引入分子分类领域的,现己成为分析分子树置信区间...
树木h2.5
mp
1.6m代表什么?
答:
树木:h2.5m,p1.6m,意思是:树木高度2.5米,P(冠幅)1.6米。也就是树冠在地上投影的长度。园林树木规格含义:D表示胸径,也有的地方和树木用来表示直径或桩径。P表示冠幅。H表示树的地面高。L表示长度。 (针对藤本较多)在实际苗木交易过程中,规格术语常用相应的符号来表示:如高度(株高、...
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