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IGV图一段碱基空白
链特异性建库测序原理
答:
这几个
碱基
GC含量均匀很可能不是接头或者barcode那些东西,其实是Illumina 测序RT这一步的random hexamer priming 造成的bias,很多人在处理数据的时候会把这几个碱基去掉,其实很多时候真多RNA-seq数据去不去掉基本什么影响,不过开头如果有低质量的碱基倒是应该去掉。 随后是第二条链合成,这一步用是DNA聚合酶,以刚才合...
2019意犹未尽的基因组可视化
IGV
(一)
答:
然后看右上角的 + ,可以缩放,让我们看
碱基
看的更清楚,直到单碱基水平,它会先从基因开始显示,当放大到一定程度时,序列信息就展示出来(看来自官网的解释: https://software.broadinstitute.org/software/
igv
/sequence_track_options )(只要之前添加了基因名的注释track),例如直接在长条框中输入 B...
IGV
-基因组浏览器-改造记录(四)
答:
写
IGV
改造系列推送的主要原因,事实是 作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程 。 在上一次RNAfold的窗口上,我们增加了二级结构上每个
碱基
覆盖深度的深浅着色。依据惯例,我会发一条朋友圈,同时附上评论信息: 似乎已经没有特别值得改造的地方了 。天真如我,我收到了这么一个评论:在IGV中,伴随...
滑窗:二代测序中你应该科普到的知识点
答:
但是实际测序中,并不是这样,你画出来的深度图的y轴的点必然忽上忽下,看看
igv
的覆盖度就能猜到。最起码你的图也是一个波动性的图,也就说明用一个
碱基
一个碱基的深度来统计拷贝区域是不现实的,因为你要考虑到测序reads所带来的碱基深度的波动性。虽然上面的想法失败了,但是我们也能明白,我们要...
samtools使用大全
答:
使用
空格
建向左快速移动(和 L 类似),使用Backspace键向左快速移动(和 H 类似)。 Ctrl+H 向左移动1kb
碱基
距离; Ctrl+L 向右移动1kb碱基距离 可以用颜色标注比对质量,碱基质量,核苷酸等。30~40的碱基质量或比对质量使用白色表示; 20~30黄色;10~20绿色;0~10蓝色。 使用点号'.'切换显示碱基和点号;使用r切换...
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一段DNA的碱基序列为
构质粒一小段碱基缺失是什么原因
已知一段mrna含有30个碱基
一段双链DNA包含1000个碱基
DNA某段碱基顺序为
dna上某段碱基顺序为5
dna某段碱基序列为5
DNA上某段碱基序列顺序为
如果DNA片段的碱基序列