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转录组测序组内差异太大
转录组测序
后
差异
表达基因太多?这4招解决你的难题
答:
首先,对初步筛选的
差异
表达基因,可根据样品特异性选择合适的DEG检测方法,如DEGseq、DEseq2、EBseq、NOIseq或PoissonDis,调整筛选条件以满足具体需求。其次,进行功能注释,通过GO、Pathway分析,以及
转录
因子、蛋白互作、致病基因和抗病基因预测,将关注点集中在与研究目标相关的十几个至几十个基因上,确...
单细胞
转录组
个体
差异大
怎么办
答:
1、样本选择:确保样本的一致性,尽量选择同一种细胞类型和相似的生理状态的细胞进行研究,以减少个体
差异
对结果的影响。2、技术优化:优化单细胞
转录组测序
的实验流程和分析方法,减少技术噪声的影响。例如,可以使用更高灵敏度的测序方法,减少PCR扩增的环节,提高数据的准确性。3、数据分析:在进行数据分...
不同的取样时间,
转录组测序差异大
吗
答:
取样时间的
差异
主要表现在两方面:1. 表达差异:在不同的时间点,细胞内的基因表达可能会发生变化。例如,在植物叶片的发育过程中,不同时间点叶片细胞中的基因表达会出现差异。因此,不同取样时间点的
转录组测序
结果可能会有较大差异。2. 技术差异:即使在同样的实验条件下,不同取样时间点样本的RNA提...
转录组测序组内
pca较为分散怎么办
答:
转录组测序组内
pca分散方式如下:1、首先,检查实验步骤和操作是否一致,根据需要校正任何导致技术偏差的因素。2、其次,对转录组测序数据进行必要的预处理步骤,例如基因表达量归一化、去除低表达基因等,以提高数据可靠性和一致性。3、然后,验证是否存在生物学上的
差异
,例如样品来源、组织类型、处理条件等...
基因选择表达后剩下的基因怎么办
答:
1. 得到的
差异
表达基因太多(或者太少)?2. 功能分析结果到底靠不靠谱?3. 技术验证只做到qPCR这步行吗?4. 做功能验证,样本怎么设计好?……是的,如今有很多研究课题是关于基因表达的,并已经发现了一些现象,但分子机制还不清楚。而做
转录组测序
或者RNA-Seq
特别
适合用于此类分子机制研究,可以一次...
转录组
验证实验结果要与
测序
一样吗
答:
转录组
结果不准确:查看插入片段随机性分布,是否存在5'端严重降解?查看比对效率是否正常?查看样本间的相关性系数,是否存在
组内
小于组间?3.分析
差异
表达的基因的readcount一般在多少比较比较合适?一般认为多个样本中,至少有一个样本的3次生物学重复的readcount≥10;如果进行RT-pcr验证,建议选择至少有...
转录组
入门(7):
差异
表达分析
答:
注 大部分的mRNA-Seq数据分析用TMM标准化就行了,但是也有例外,比如说single-cell RNA-Seq(Lun, Bach, and Marioni 2016), 还有就是global differential expression, 基因组一半以上的基因都是
差异
表达的,请尽力避免,(D. Wu et al. 2013), 不然就需要用到内参进行标准化了(Risso et al. 2014). 第四步: ...
如何处理qPCR验证与
转录组测序
结果不一致
答:
qpcr是对量进行检测的多数,你是要看你的
转录组
的表达量的多少吧,如果与
测序
做对比是没有明确意义的,实在要做的话,那你需要对你的整个转录本都进行定量才能出来对比结果
转录组测序
和单细胞测序的区别有哪些?
答:
转录组测序
和单细胞测序是两种常用的基因组学技术,它们在研究基因表达和细胞异质性方面有所不同。以下是它们的一些主要区别:样本类型:转录组测序通常使用组织样本或细胞系等大量细胞的总RNA进行分析,而单细胞测序则从单个活细胞中获取RNA,可以解析细胞个体之间的
差异
。RNA捕获方式:转录组测序常用的方法是...
转录组测序
技术和结果解读(十)---富集分析
答:
转录组测序
的富集分析是解读
差异
基因功能的重要步骤。首先,通过基因功能注释,如GO、COG和KEGG,将差异表达基因分类到生物学功能中,条形图展示各类功能的差异基因数量,颜色区分上调和下调,以便评估实验影响的主要功能区域。然而,单纯基于某功能基因的差异比例进行判断可能存在误差,需要考虑所有功能分类中差异...
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多个转录组共同差异基因
转录组只有几百个差异基因
测序重复性差怎么办
转录组平行差异大怎么办